Wanneer James een mysterieuze brief ontvangt van zijn verloren liefde Mary, keert hij terug naar Silent Hill. De stad die hij ooit kende is veranderd in een duistere, onheilspellende plek. Terwijl hij Mary probeert te vinden, komt James monsterlijke wezens tegen en ontdekt hij een angstaanjagende waarheid. Een waarheid die hem tot aan de rand van zijn verstand brengt.